為了這場正義審判，最高人民檢察署積極向全國公安、檢察、大專院校、涉外單位等借調干部。此項工作得到各地大力支持，很快便有200余名偵訊員、調查員、書記員、翻譯員等工作人員齊集北京待命。1954年2月，由李甫山擔任主任委員的最高人民檢察署東北工作團正式成立。 為統一思想認識、解決偵訊技術與業務問題，最高人民檢察署在北京真武廟開辦了全封閉保密的集訓班。考慮到外交需要，對關押這批戰犯的情況，特別是將要對其進行偵查、審判，都是保密的。因此，這次集訓被稱為最高人民檢察署舉辦的“偵查訓練班”。
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為打開僵局，東北工作團還創造性地發動了一場認罪檢舉風暴——采取了小、中、大會相結合，背靠背和面對面相結合的方式進行。經過組織動員，一場聲勢浩大的自己交代罪行，檢舉揭發上級罪行的活動迅速展開。 當士兵們以鐵證直指昔日長官，戳穿其屠殺、掠奪的罪行時，被揭發者終于威風掃地。 “土法攻堅”成效顯著：戰犯們交代、揭發罪行材料達1.4萬件；調查組分赴12個省市，最終取得控訴書、證人證言等關鍵證據2.8萬余件。內外夾擊之下，鐵幕被層層撕開。
一場規模空前的證據搜集行動在全國展開。 “東北工作團從全國抽調200多人，展開大規模調查取證。從戰犯任職地點的檔案到偽滿報紙，從戰犯同僚的供詞到戰犯親友的走訪，我們常常為了到現場掌握第一手材料而遠赴千里。”參與偵訊的東北工作團檢察員郭春來當時負責偽滿系統的調查取證，他和同事翻遍了從東北各地調取的行政文書、會議記錄和決策記錄等，最后從種類龐雜的材料中查找到了確鑿的證據，如當時會議的參與者、命令的下達者、被逮捕者、命令執行者，甚至是日本戰犯親筆簽署的命令等，并都形成了文字記錄。
這場歷史性審判的背后，是工作組對海量證據材料的嚴格把關。最終用于定案的證據體系龐大而嚴謹，總計達18418件，包括：被害人和被害人親屬控訴書1706件，當地居民的證明和檢舉618件；戰犯同僚和部下的證詞材料487件，查詢有關筆錄298件；有關檔案文件410件（包括文件照片363件），書報23份；罪行照片137件，各種勛章、獎狀6件，物證127件，其他材料720件；控訴和檢舉材料6489件，證明材料439件，調查報告1892件，其他材料2100件。
記者走進管理所，一排排整齊的監舍曾是戰犯們生活和學習的地方。墻壁上的歷史照片無聲地記錄著戰犯們心靈的深刻轉變。收押初期，多數日本戰犯自認是“戰俘”而非“戰犯”，強烈對抗改造。面對這些罪行累累的戰犯，中央明確指示，要把他們改造好，讓他們變成新人，這對我們國家、民族會有長遠的意義。 一場史無前例的“靈魂之戰”悄然展開。
